Bezpieczne POP3 Standardowy protokół POP3 wykorzystuje transmisję jawną (nieszyfrowaną). Dzięki temu włamywacz może stosunkowo łatwo "podsłuchać" nazwę użytkownika, hasło i treść listów. Aby temu zapobiec można korzystać z POP3S, czyli wariantu POP3 chronionego powłoką SSL. Większość nowych programów pocztowych ma możliwość skonfigurowania tej usługi. POP3-SSL działa na GNU na standardowym porcie mu przydzielonym, czyli 995. Aby uniknąć ostrzeżenia wyświetlanego przez programy pocztowe na temat nieznanego źródła certyfikatu, należy dodać go do grupy zaufanych certyfikatów. Osobny plik z certyfikatem publicznym dostępny jest w bieżącym katalogu.